配列の種差を調べる

酵素、レセプターのin vitro assayをやる中で、「種差」が問題になることがある。ある化合物がhuman vs. rodent で作用が大きく異ったりする。その時の原因の一つとしては配列が種によって余り保存されていない、ということが挙げられる。

もちろん、assay systemを構築する前準備として配列相同性の情報を収集しておけば良いのだけど、僕がこれまでやっていた方法は結構めんどくさくて（対象の種、human, mouse, ratとかの配列をNCBIから取ってきてからalignment）億劫になっていた。

で、今回見つけたのは「Homologene」。NCBIの中のサービス。ここで対象遺伝子（例：GAPDH）を検索するとこんな画面が出てくる。

様々な種のGAPDHの遺伝子、タンパク質配列がまとめて表示される。下の方をさがしていくと、「Show Pairwise Alignment Scores」というリンクがあって、これをクリックするとアミノ酸配列のidentity (%)がすぐに分かる。すごく楽。NCBIもEMBLもどんどん新しいサービスを増やしてくるから、昔のやり方にこだわることなく新しいものを取り入れていきたいものです。